In Valkenburg bestaat het eerste schooljaar uit de klassen theoretische leerweg (TL), theoretische/kaderberoepsgerichte leerweg (TL/KB), kaderberoepsgerichte/basisberoepsgerichte leerweg (KB/BB) en basisberoepsgerichte leerweg met LWOO. Aan het eind van de brugklas worden de leerlingen definitief bevorderd naar een leerweg. Dit kan zijn 2 TL, 2KB of 2 BB.
In Meerssen bestaat het eerste jaar uit de klassen gymnasium, atheneum, atheneum/havo, havo. en havo/vmbo-tl Aan het einde van de brugklas wordt een leerling (definitief) geplaatst in de tweede klas gymnasium, atheneum, havo of tl. Leerlingen die een tl-advies krijgen, stappen over naar de locatie Valkenburg. Na het tweede leerjaar wordt de leerling bevorderd naar havo 3 of vwo 3.
De bovenbouw van het havo en het vwo staat beter bekend als de Tweede Fase. In deze fase krijgt iedere leerling de keuze uit vier profielen:
natuur en techniek
natuur en gezondheid
cultuur en maatschappij
economie en maatschappij.
Bij elk profiel hoort een gemeenschappelijk deel, een profieldeel en een vrij deel.
Het Stella Maris College heeft aan deze onderwijskundige vernieuwing een eigen invulling gegeven. De uitgangspunten hierbij zijn: doorlopende leerlijnen, verdere profilering van HAVO en VWO en een goede begeleidingsstructuur. Bovendien is gekozen voor een breed vakkenaanbod.
Naast de wettelijk verplicht gestelde vakken biedt het Stella Maris College ook de vakken filosofie, BSM (Bewegen, Sport en Maatschappij), NLT (Natuur, Leven en Technologie) en Fast Lane English (Versterkt Engels). De leerlingen kunnen hierdoor op basis van eigen interesses een aantrekkelijk profiel kiezen met goede doorstroommogelijkheden.
In de bovenbouw van het VMBO onderscheiden we vier sectoren:
techniek, zorg en welzijn, economie, landbouw en binnen elke sector zijn er 4 leerwegen.
Wij bieden alle vier de leerwegen aan, te weten:
- de theoretische leerweg, die zes algemene vakken omvat
- de gemengde leerweg, die vijf algemene vakken en het intrasectoraal programma technologie omvat gericht op de 4 sectoren
- de kader- en de basisberoepsgerichte leerweg, die vier algemene vakken en een
beroepsgericht programma leisure wellnesse en hospitality omvat dat volledig praktijkgericht is.
- de beroepsgerichte leerweg, die voornamelijk praktijkgericht gericht is en net zoals in de kaderberoepsgerichte leerweg het programma Leisure, wellness en hospitality omvat.
In 
